On oublie souvent combien l’église Saint-Pierre a souffert au fil des siècles. L’époque des Guerres de Religion, au XVIe siècle, fut particulièrement rude. En 1568, Frontenay tomba aux mains des troupes protestantes de l’amiral de Coligny, entraînant la profanation partielle de l’église : autel détruit, statues décapitées, vitraux brisés (Source : Histoire ecclésiastique du Poitou, Curé L. Ferrand, 1870). L’édifice, saccagé, fut reconstruit en grande partie grâce à la mobilisation des fidèles dans les décennies suivantes.
Lors de la Révolution française, l’église fut brièvement fermée, les biens saisis et le mobilier inventorié pour être « mis à la disposition de la Nation ». Les archives locales signalent aussi le passage des « colonnes infernales » en 1794, qui auraient tenté d’incendier le clocher sans succès.
Au XIXe siècle, sous l’impulsion de la famille Rohan-Chabot, qui donna son nom à la commune, l’église profita d’une rénovation “historisante”. C’est à cette époque que fut ajoutée la tribune d’orgue côté ouest, qui surplombe encore la nef lors des concerts de musique sacrée.